首先在自動凱氏定氮儀中加約2/3體積蒸餾水，加入數滴硫酸使其保持酸性，以避免水中的氨被蒸出而影響結果，並放入少許沸石（或毛細管等），以防爆沸。

這個步驟有點類似於凱氏定氮法的消化前步驟，用相應的試劑對其進行清洗。

沿小玻杯壁加入蒸餾水約20mL讓水經插管流入反應室，但玻杯內的水不要放光，塞上棒狀玻塞，保持水封，防止漏氣。這一步可直接驗證插管是否可以使用。

 

蒸氣發生後，立即關閉廢液排放管上的開關，使蒸氣隻能進入反應室，導致反應室內的水迅速沸騰，蒸出蒸氣由反應室上端口通過定氮球進入冷凝管冷卻，在冷凝管下端放置一個錐形瓶接收冷凝水。

從定氮球發燙開始計時，連續蒸煮5min，然後移開煤氣燈。

 

衝洗完畢，夾緊蒸氣發生器與收集器之間的連接橡膠管，由於氣體冷卻壓力降低，反應室內廢液自動抽到反應室外殼中，打開廢液排出口夾子放出廢液。

 

整個清洗過程，到這裏就結束了，經過清洗這個過程，儀器內部環境已經符合午夜一区二区三区測定蛋白質含量的需求，另外，儀器的各部件也得到了檢驗，可以及時更換漏氣或者其他壞了的部分。

 

根據以上步驟重複清洗2～3次，再在冷凝管下換放一個盛有硼酸-指示劑混合液的錐形瓶使冷凝管下口*浸沒在溶液中，蒸餾1～2min，觀察錐形瓶內的溶液是否變色。如不變色，表示蒸餾裝置內部已洗幹淨。移去錐形瓶，再蒸餾1～2min，用蒸餾水衝洗冷凝器下口，關閉煤氣燈，儀器即可供測樣品使用。